Facturation électronique en 2026 : le guide pour les thérapeutes

Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent être capables de recevoir des factures électroniques. Cela inclut les thérapeutes en libéral, même en micro-entreprise et même si vous ne facturez pas de TVA.

Bonne nouvelle : pour la plupart des praticiens, l'impact reste limité. Tout dépend de votre profession, de la nature de vos séances et de vos clients. Voici ce qui change concrètement pour votre cabinet, et ce que vous devez faire dès maintenant.

📌 L'essentiel en 30 secondes

📩 Réception : tout le monde est concerné. Vous devez avoir choisi une plateforme agréée pour recevoir les factures de vos fournisseurs.

🧾 Émission : à partir du 1er septembre 2027 pour les petites entreprises, uniquement pour les factures adressées à des professionnels, et seulement si l'opération n'est pas exonérée de TVA.

🩺 Vos séances avec des patients particuliers : si vous exercez une profession de santé réglementée (psychologue, ergothérapeute, psychomotricien…), vos actes de soin sont exonérés de TVA et restent en dehors de la réforme.

💳 Avec Medica : vos factures sont conformes aujourd'hui, et l'émission de factures électroniques sera prête dans Medica d'ici septembre 2027.

🤔 1. Qu'est-ce que la facturation électronique ?

Une facture électronique n'est pas un simple PDF envoyé par email. C'est un fichier dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII), lisible par les logiciels, qui transite par une plateforme agréée par l'administration fiscale.

Ces plateformes, autrefois appelées PDP, s'appellent désormais « plateformes agréées » (PA). L'administration publie la liste officielle des plateformes agréées sur impots.gouv.fr.

Chaque entreprise est référencée dans un annuaire central de la facturation électronique, qui indique sur quelle plateforme lui envoyer ses factures. C'est votre plateforme qui vous y inscrit.

La réforme a trois objectifs : lutter contre la fraude à la TVA, automatiser le traitement des factures et donner à l'État une vision plus rapide de l'activité économique.

📅 2. Le calendrier de la réforme

Le calendrier est confirmé et la réforme n'a pas été reportée (Compta-Online) :

Comme la quasi-totalité des cabinets de thérapeutes, vous êtes concerné par les deux dates : la réception depuis septembre 2026, l'émission et l'e-reporting à partir de septembre 2027 pour les opérations qui y sont soumises.

🧑‍⚕️ 3. Êtes-vous concerné en tant que thérapeute ?

La réforme repose sur trois obligations : recevoir les factures de vos fournisseurs, émettre des factures électroniques à vos clients professionnels (e-invoicing), et transmettre à l'administration les données de vos ventes aux particuliers (e-reporting).

La réception : oui, pour tout le monde

Quel que soit votre métier ou votre statut, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques. Cela concerne vos factures de fournisseurs : logiciels, loyer, énergie, matériel, services. Cette obligation s'applique même si tous vos actes sont exonérés de TVA (Shine).

Vos séances : tout dépend de votre profession

🩺 Vous exercez une profession de santé réglementée (psychologue, ergothérapeute, psychomotricien, ostéopathe, diététicien…). Vos actes de soin sont exonérés de TVA au titre de l'article 261-4-1° du Code général des impôts. Ils sont donc exclus de l'émission de factures électroniques et de l'e-reporting (Fiducial). Si vous ne réalisez que ce type d'actes, votre seule nouvelle obligation est la réception.

🌿 Vous exercez une profession non réglementée (naturopathe, sophrologue, coach, praticien bien-être…). Vos séances ne sont pas exonérées de TVA par nature, même si vous ne la facturez pas grâce à la franchise en base. À partir de septembre 2027, vos factures adressées à des professionnels devront donc être électroniques, et vos ventes aux particuliers relèveront en principe de l'e-reporting (Les Experts-Comptables). Rassurez-vous : l'e-reporting ne transmet que des montants et de la TVA, jamais le nom du patient ni la nature de la séance.

Les activités annexes, à surveiller pour tous

Même si vos soins sont exonérés, certaines activités sortent de ce cadre : formations, ateliers, interventions en entreprise, supervision facturée à une structure, vente de produits. Ces opérations relèvent de la TVA, donc de la facture électronique quand le client est un professionnel, et de l'e-reporting quand c'est un particulier.

Attention aussi aux cabinets partagés. Une rétrocession d'honoraires portant sur des actes de soin reste exonérée. En revanche, une redevance pour la mise à disposition d'un local ou de matériel est soumise à la facturation électronique à partir de septembre 2027 (Cegedim Santé).

Ne pas confondre exonération et franchise

⚕️ L'exonération de TVA (article 261-4-1° du CGI) dépend de la nature de l'acte : elle concerne les soins réalisés par les professions de santé réglementées. Ces actes sont en dehors de la réforme.

📉 La franchise en base de TVA (article 293 B du CGI) dépend de votre chiffre d'affaires. Elle vous dispense de facturer la TVA tant que vous restez sous le seuil, fixé en 2026 à 37 500 € pour les prestations de services, avec une tolérance jusqu'à 41 250 € (Axio Formation). Elle ne vous sort pas de la réforme : vos opérations restent dans le champ de la facturation électronique.

En résumé

✅ 4. Ce que vous devez faire maintenant

1️⃣ Choisissez une plateforme agréée pour la réception, si ce n'est pas déjà fait. Vérifiez d'abord si votre banque professionnelle, votre outil de comptabilité ou votre expert-comptable vous en propose une : plusieurs plateformes incluent la réception gratuitement.

2️⃣ Vérifiez votre inscription dans l'annuaire. Une fois la plateforme désignée, elle vous référence dans l'annuaire central. L'absence de plateforme de réception peut être sanctionnée d'une amende de 500 € après mise en demeure (La Fabrique du Net).

3️⃣ Faites le point sur vos activités. Listez ce que vous facturez, et à qui : patients, structures, entreprises, confrères. C'est ce qui détermine vos obligations pour septembre 2027.

4️⃣ Parlez-en à votre comptable si vous avez des activités mixtes ou un doute sur l'exonération de vos actes.

💳 5. Avec Medica, vous êtes en règle

Si vous utilisez Medica, vous n'avez rien à changer aujourd'hui. Vos factures sont conformes à la réglementation actuelle, et c'est tout ce que la loi vous demande pour vos patients en ce moment.

Au quotidien, Medica vous permet d'éditer vos factures en quelques clics, de créer des devis transformables en factures, d'envoyer automatiquement les factures à vos patients par email, et de générer votre livre de recettes par mois, trimestre ou année.

Pour l'émission, c'est simple : d'ici septembre 2027, tout sera prêt dans Medica. Vous pourrez émettre vos factures électroniques directement depuis Medica, via une plateforme agréée, et les données d'e-reporting seront transmises si vous êtes concerné. Vous n'aurez pas à changer d'outil ni à vous en occuper vous-même : le jour où l'obligation s'appliquera à vous, Medica sera conforme.

Et nous n'excluons pas, à terme, de vous permettre aussi de recevoir vos factures fournisseurs directement dans Medica. La solution est encore jeune et se construit avec les retours de ses utilisateurs : chaque chose en son temps. En attendant, une plateforme de réception gratuite suffit pour être en règle sur ce point.

Nous vous tiendrons informé à chaque étape. Vous pouvez dès maintenant gérer votre facturation avec la version 100 % gratuite de Medica.

❓ FAQ

Puis-je continuer à envoyer mes factures en PDF à mes patients ?

Oui, pour les patients particuliers, la réforme n'impose pas de facture électronique. Si vos actes sont exonérés de TVA, rien ne change pour eux. Sinon, ce sont les données de la vente qui sont transmises via l'e-reporting, pas la facture elle-même.

Je suis micro-entrepreneur en franchise de TVA, suis-je concerné ?

Oui. La franchise en base ne vous sort pas de la réforme. Vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques depuis septembre 2026, et vos obligations d'émission et d'e-reporting à partir de septembre 2027 dépendent de la nature de vos prestations.

L'e-reporting met-il en danger le secret professionnel ?

Non. Seuls les montants et la TVA sont transmis. Aucune donnée personnelle sur le patient ni sur la nature précise de la séance n'est communiquée à l'administration.

Que se passe-t-il si je n'ai pas choisi de plateforme de réception ?

Vous vous exposez à une amende de 500 € après mise en demeure, et vos fournisseurs auront du mal à vous transmettre leurs factures. La démarche est rapide, et souvent gratuite pour la seule réception.

✏️ Conclusion

Pour la plupart des thérapeutes, la facturation électronique change peu de choses au quotidien : recevoir ses factures fournisseurs sur une plateforme agréée est la seule obligation commune à tous. Les praticiens qui facturent des professionnels ou dont les séances ne sont pas exonérées de TVA ont jusqu'à septembre 2027 pour s'organiser.

Le plus important est d'identifier dès maintenant ce que vous facturez, et à qui. Et si vous facturez avec Medica, vous êtes en règle aujourd'hui, et l'émission de factures électroniques y sera prête d'ici septembre 2027.

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Sources

Pages consultées le 20 octobre 2026.

Compta-Online, facturation électronique : calendrier, obligations et sanctions : calendrier confirmé 2026-2027.

Fiducial, la facturation électronique et le secteur de la santé : exclusion des actes exonérés, contenu de l'e-reporting.

Shine, facturation électronique des professions de santé : obligation de réception pour les professions exonérées.

Cegedim Santé, conséquences pour les professionnels de santé : rétrocessions et redevances.

Les Experts-Comptables, facturation électronique et auto-entrepreneur : micro-entreprises en franchise.

Axio Formation, micro-entreprise 2027 : seuils de TVA : seuils de franchise en base 2026.

La Fabrique du Net, plateforme agréée : nouveau nom des PDP, sanction en l'absence de plateforme.

impots.gouv.fr, liste des plateformes agréées.